La première implication de John F. Kennedy avec J. Robert Oppenheimer remonte à 1958, alors que Kennedy était encore sénateur. À l’époque, Lewis Strauss, secrétaire au commerce par intérim pour l’administration Eisenhower, menait une campagne acharnée contre Oppenheimer. Strauss, qui avait une longue histoire de succès commercial privé, avait une longue rancune envers Oppenheimer pour l’avoir humilié lors d’une audience et pour s’être opposé au développement de la bombe à hydrogène. Kennedy s’est retrouvé impliqué dans cette affaire lors d’un vote crucial au Sénat où il a finalement voté contre Strauss, l’homme qui a détruit la carrière publique d’Oppenheimer.
En avril 1963, la communauté scientifique a appris que J. Robert Oppenheimer recevrait le Prix Enrico Fermi cette année-là. Ce prix, établi par Dwight D. Eisenhower en 1956, est décerné par le président pour des réalisations dans les domaines de la science de l’énergie et de la technologie et s’accompagne d’une généreuse somme d’argent. Kennedy avait personnellement signé le prix et prévoyait de le remettre à Oppenheimer lors d’une cérémonie en décembre. Malheureusement, Kennedy a été assassiné quelques jours avant la cérémonie, mais Lyndon Johnson a poursuivi avec la remise du prix. Oppenheimer a exprimé sa gratitude pour cette marque de reconnaissance et a souligné le courage qu’il fallait pour lui accorder cet honneur.